خوشبختانه در آب‌های جنوب ایران محیط هایی هر چند اندک و پراکنده از سنگفرش‌های مرجانی وجود دارد که عمدتا در اطراف جزایر خلیج فارس و تا حدودی نیز در خلیج چابهار قرار گرفته‌اند. محیط های مرجانی علاوه بر فواید زیست محیطی ذکر شده در بالا، دارای ارزش اقتصادی بالایی نیز هستند که این امر با جذب توریست در این نواحی برای غواصی و دیدن تپه‌های مرجانی صورت می‌پذیرد. متاسفانه در برخی مواقع همین امر می‌تواند باعث تخریب مرجان‌ها توسط لنگراندازی قایق‌ها شود که البته به ایجاد امکاناتی ویژه مانند بویه‌های مخصوص لنگراندازی (مانند چیزی که توسط سازمان منطقه آزاد کیش در سایت‌های مرجانی اطراف جزیره انجام گرفته است) می‌توان از این امر جلوگیری به عمل آورد.
علاوه بر تخریب‌های ناشی از فعالیت‌های انسانی در جوامع مرجانی، تغییرات و استرس‌های زیست محیطی می‌تواند مرجان‌ها را تحت تاثیر قرار دهد. یکی از مهم ترین این عوامل، استرس دمایی است، به گونه‌ای که گرمتر شدن دمای آب بیشتر از حد طبیعی آن می‌تواند باعث ایجاد پدیده سفیدشدگی (Bleaching) در مرجان‌ها شود که یکی از مخرب ترین پدیده‌ها در جوامع مرجانی محسوب می‌شود.
بر اساس مطالعات میدانی که توسط دکتر کیوان کبیری و دکتر مسعود مرادی از اعضای هیات علمی پژوهشگاه ملی اقیانوس‌شناسی و علوم جوی در این زمینه انجام شده، مشخص شده است که این استرس دمایی زمانی می‌تواند تاثیر گذار باشد که در مدت زمانی معین (که بستگی به منطقه دارد) پایدار و ممتد باشد. در تحقیق انجام شده که نتایج آن در مجله خلیج فارس نیز منتشر شده است، مشخص شد که مرجان‌های خلیج فارس در مقایسه با مرجان‌های سایر مناطق جهان دارای مقاومت بالاتری در برابر استرس‌های دمایی هستند.
علاوه بر این در این تحقیق با بومی‌سازی یک شاخص شناخته شده جهانی به نام هفته‌های گرم دمایی (Degree Heating Weeks, DHW) برای خلیج فارس، امکان پیش بینی این پدیده فراهم شد. مهم‌ترین استرس دمایی ثبت شده در سال‌های اخیر در سال 1998 میلادی اتفاق افتاده است که کل جوامع مرجانی جهان از جمله مرجان‌های خلیج فارس را تحت تاثیر قرار داد. بعد از آن نیز در سال 2007 میلادی شاهد این استرس دمایی بودیم که باعث سفید شدن گونه‌های مختلف مرجانی در خلیج فارس شد. تابستان امسال نیز این پدیده در مقیاسی نسبتا وسیع در مرجان‌های خلیج فارس اتفاق افتاده است که با پیش‌بینی‌های منتج از مدل مطابقت دارد.
بر اساس این گزارش، در روزهای پایانی شهریور ماه و در یک کار تحقیقاتی مشترک انجام شده توسط دکتر کبیری از پژوهشگاه ملی اقیانوس شناس و علوم جوی و دکتر رضایی، مرجان‌های اطراف جزایر کیش و هندورابی مورد پایش میدانی قرار گرفت. این مشاهدات با استفاده از روش عکسبرداری خطی (Photo-transect) از سطح آب انجام پذیرفت که نتایج آن در آینده نزدیک در تحلیل تصاویر ماهواره‌ای با قدرت تفکیک مکانی بالا (High resolution satellite imagery) نیز به کار گرفته خواهد شد. مشاهدات انجام شده بیانگر وجود پدیده سفیدشدگی در اندازه نسبتا زیادی در مرجان‌های اطراف این دو جزیره است، به گونه‌ای که بیشترین تاثیر بر روی مرجان‌های شاخ‌گوزنی آکروپورید یا Acropora مشاهده و ثبت شد.
همچنین در یک بررسی اجمالی که از سایت سیمرغ واقع در جنوب شرق جزیره کیش انجام شد، 42 تا 43 درصد از مرجان‌ها، به خصوص مرجان‌های شاخ گوزنی سفید شده بودند. البته آن دسته از مرجان‌های شاخ گوزنی که در زیر سایه مرجان‌های دیگر و یا در لابلای صخره‌ها قرار داشتند کمتر آسیب دیده و بخشی از آنها که در معرض نور قرار نگرفته بود، سالم ماندند.
دمای آب ثبت شده از سطح به عمق آب بین 33.24 تا 36.35 درجه سانتیگراد در نوسان بود، به گونه‌ای که میانگین آن 34.04 درجه سانتیگراد بود. این تخریب تقریبا به همین اندازه در مرجان‌های جزیره هندورابی نیز مشاهده شد. مشاهدات غواصان و محققان از سایر سایت‌های مرجانی در دیگر جزایر خلیج فارس نیز مءید وجود این پدیده در آنها است.
